En el año 1592, una dama veleña llamada María Calderón hizo traer de Granada una talla de una Virgen a la advocación de Los Remedios, que hizo instalar en el oratorio particular de su hermano, el alférez don Francisco de Toledo. Esta noticia, que nos la proporciona de primera mano el Padre Vedmar en su Historia Sexitana de la Antigüedad y Grandezas de la Ciudad de Bélez está avalada por el dato de que en la época de Vedmar aún vivían en el convento de Nuestra Señora de Gracia (Las Claras) de la ciudad dos religiosas sobrinas de doña María Calderón que recordaban el hecho con todo detalle.

Según el autor que citamos, fueron tan grandes los milagros que la Virgen de los Remedios hizo, que hubo la necesidad de ofrecerla a la pública veneración. Y la piedad de los veleños determinó edificar a la Virgen un templo donde se la pudiera tributar culto. Al efecto empezaron a construir un santuario en el Cerro de San Cristóbal, donde, según la tradición, había existido una mezquita en tiempos de los moros. Hubo que vencer muchas dificultades de tipo económico que se fueron paliando con las múltiples aportaciones de numerosos veleños, tanto en limosnas como en trabajos personales gratuitos. 

Nos cuenta Vedmar cómo mientras se realizaban las obras se encontraron ruinas y restos antiguos que, según él, confirmaba la opinión de que en aquel sitio había existido la legendaria mezquita. Y mientras se hacía el templo grande estuvo la Virgen en el mismo Cerro de San Cristóbal, pero en una pequeña ermita provisional: ...Le hicieron de prestado en la dicha plaza otra pequeña, donde estuvo hasta que el año pasado de 1649 se mudó a su nueva casa por mandado del señor don Feliciano de Valladares y la Cueva. 

El traslado a la ermita provisional desde el convento de San Francisco se hizo el 13 de junio de 1640, según nos cuenta don Agustín Moreno Rodríguez en la página 70 de su Reseña Histórico-Geográfica de Vélez-Málaga y su partido, impresa en Málaga en 1865. Y nueve años más tarde, en 1649, gracias al esfuerzo de todos, las obras estaban terminadas. El 20 de agosto de este mismo año se bendijo la nueva iglesia con las ceremonias acostumbradas, oficiando en nombre del señor gobernador eclesiástico el entonces beneficiado de la iglesia de San Juan Bautista, y cronista local, don Francisco de Vedmar, que, sin lugar a dudas, fue uno de los principales artífices y animadores de la construcción del santuario. Aquel mismo día de agosto hubo en toda la ciudad grandes fiestas y, entre las aclamaciones de júbilo del pueblo veleño, quedó proclamada la Virgen de los Remedios patrona de la ciudad. El nombramiento oficial no se produciría, no obstante, hasta el siglo siguiente en el que la corporación local tomó el acuerdo, reunida en sesión extraordinaria, el 10 de febrero de 1707.

El nuevo santuario se convirtió pronto en el lugar sagrado más frecuentado, tanto de la ciudad como de la comarca. A partir de entonces, siempre que ocurría alguna calamidad (epidemias, plagas, sequías, terremotos...) se procesionaba a la Virgen, siendo lo más común su traslado temporal a la iglesia parroquial de San Juan Bautista donde se le oficiaban novenas, misas y sermones, costumbre que ha persistido con los siglos.

El primer libro de archivo de la ermita empieza en el año de 1645, siendo obispo de Málaga el veleño Fray Alonso de Santo Tomás. En él se toman noticias de una hermandad o cofradía -que aún subsiste en la actualidad- y que tenía a su cargo el cuidado de la ermita, estando encargada, también, de fomentar el culto a la Virgen, así como de cuidar de sus libros y cuentas.

En 1681 se realizó la primara restauración, a costa del obispo Fray Alonso, que ordenó se empezasen las obras de la capilla mayor y sacristía. En 1783 se hicieron nuevas obras, así como en 1790, que afectaron al camarín y a la sacristía.

Durante la invasión francesa la ermita sufrió muchísimo y, a finales del siglo XIX, en obras comenzadas en noviembre de 1888, se la restauró otra vez, siendo capellán don Manuel Palma, según consta en uno de los muros de la iglesia, donde una lápida reza lo siguiente: Se restauró este Santuario de María Santísima de los Remedios en 1888, siendo obispo de esta diócesis el Excmo. Sr. don Marcelo Spínola y Maestre, una de las glorias del episcopado y presidente del Excmo. Ayuntamiento don José Fernández Moya. Directores de la referida obra el capellán de esta iglesia don Manuel palma y López y el devoto don Juan Igualada y Lasso de la Vega. Costeada por todos estos señores y por los hijos todos de esta ciudad. Cooperó a esta obra el digno vicario don Miguel Pérez de Guzmán.

El primer capellán de la ermita fue su fundador el Padre Vedmar. Hasta 1912 los capellanes sucesivos tuvieron nombramientos específicos para el santuario de la Patrona, y, desde este mismo año, el cargo se asimiló a la persona del párroco de San Juan Bautista.